筑波四面薬師の1つ。廃寺となり、いまは筑波霊園の敷地内に石碑と案内板のみが残っています。
1908年（明治40年）に、府中（石岡）の市街地で大火があり常陸国分寺も焼失してしまい、1910年（明治42年）、ここにあった薬師堂の建物が常陸国分寺に移築されました。
御本尊の薬師様は、その後、暫らくはこの地にありましたが、現在は市内小幡地内の薬王院に安置されています。