加波山神社は、第十二代景行天皇の御代(約二千年前)日本武尊の御東征(現在の東北地方を平定)に当たり、加波山に登り、三神(天御中主神・日の神・月の神)を祭り、社を建て加波山天中宮が創建されたと伝えられています。 延暦20年(西暦800年)に征夷大将軍、坂上田村麿の御東征に際しても当社に戦勝を祈願され、大同元年(西暦806年)に社殿を寄進されました。
弘仁5年(西暦809年)には、従五位下を朝廷より賜り、第五十二代嵯峨天皇より多数の御神宝が奉納されました。現在は、天皇の御宸筆（ごしんぴつ：天皇の自筆）の掛軸のみが残されています。 江戸時代にはいると加波山大権現と称し、別当寺院が三社を支配するようになり、山伏・修験者の真言密教加波山三光流の道場・霊場として栄えました。
また、加波山中宮は、水戸徳川家の崇敬厚く、水戸藩の領内をはじめ、県内・外の村内安全・家内安全・嵐除・農業・産業・開運・子授け・安産・海上安全・大漁満足の神社として信仰され大いに栄え現在にいたっています。